（一）天然染料
1、蘇木/精 蘇木/精是從南美的蘇木（熱帶豆科植物）干枝中用浸制出來的一種色素，是最/常用的染料之一。蘇木/精不能直接染色，必須暴露在通氣的地方，使他變成氧化蘇木/精（又叫蘇木素）后才能使用，這叫做“成熟"。蘇木/精的“成熟"過程需時(shí)較長，配置后時(shí)間愈久，染色力愈強(qiáng)。被染材料必須經(jīng)金屬鹽作媒劑作用后才有著色力。所以在配制蘇木/精染劑時(shí)都要用媒染劑。常用的媒染劑有硫酸鋁按、鉀明礬和鐵明礬等。
蘇木/精是淡黃色到銹紫色的結(jié)晶體，易溶于酒精，微溶于水和甘油，是染細(xì)胞核的優(yōu)良材料，他能把細(xì)胞中不同的結(jié)構(gòu)分化出各種不同的顏色。分化時(shí)組織所染的顏色因處理的情況而異，用酸性溶液（如鹽酸—酒精）分化后呈紅色，水洗后仍恢復(fù)青藍(lán)色，用堿性溶液（如氨/水）分化后呈藍(lán)色，水洗后呈藍(lán)黑色。
2、洋紅 洋紅又叫胭脂紅或卡紅。一種熱帶產(chǎn)的雌性胭脂蟲干燥后，磨成粉末，提取出蟲紅，再用明礬處理，除去其中雜質(zhì)，就制成洋紅。單純的洋紅不能染色，要經(jīng)酸性或堿性溶液溶解后才能染色。常用的酸性溶液有冰醋/酸或ku味酸，堿性溶液有氨/水、硼砂等。
洋紅使細(xì)胞核的優(yōu)良染料，染色的標(biāo)本不易褪色。用作切片或組織塊染都適宜，尤其適宜于小型材料的整體染色。用洋紅配成的溶液染色后能保持幾年。洋紅溶液出現(xiàn)渾濁時(shí)要過濾后再用。
（二）人工染料
人工染料，即苯胺染料或煤/焦油染料，種類很多，應(yīng)用極廣。它的缺點(diǎn)是經(jīng)日光照射容易褪色，苯胺藍(lán)、亮綠、甲基綠等更易褪色。在制片中注意掌握酸堿度，并避免日光直射，也能經(jīng)幾年不褪色。
1、酸性品紅 酸性品紅是酸性染料，呈紅色粉末狀，能容于水，略溶于酒精（0.3%）。他是良好的細(xì)胞制染色劑，在動(dòng)物制片上應(yīng)用很廣，在植物制片上用來染皮層、髓部等薄壁細(xì)胞和纖維素壁。他跟甲基綠同染，能顯示線粒體。
組織切片在染色前先浸在帶酸性的水中，可增強(qiáng)它的染色力。酸性品紅容易跟堿起作用，所以染色過度，易在自來水中褪色。
2、剛果紅 剛果紅是酸性染料，呈棗紅色粉末狀，能溶于水喝酒精，遇酸呈藍(lán)色。他能作染料，也用作指示劑。他在植物制片中常作為蘇木/精或其他細(xì)胞染料的襯墊劑。他用來染細(xì)胞質(zhì)時(shí)，能把膠制或纖維素染成紅色。在動(dòng)物組織制片中用來染神經(jīng)軸、彈性纖維、胚胎材料等。剛果紅可以跟蘇木靜作二重染色，也可用作類淀粉染色，由于他能溶于水和酒精，所以洗滌和脫水處理要迅速。
3、甲基藍(lán) 甲基藍(lán)是弱酸性染料，能溶于水和酒精。甲基藍(lán)在動(dòng)植物的制片技術(shù)方面應(yīng)用極廣。他跟伊紅合用能染神經(jīng)細(xì)胞，也是細(xì)菌制片中不可/缺少的染料。它的水溶液是原生動(dòng)物的活體染色劑。甲基藍(lán)極易氧化，因此用他染色后不能長久保存。
4、固綠 固綠是酸性染料，能溶于水（溶解度為4%）和酒精（溶解度為9%）。固綠是一種染含有漿質(zhì)的纖維素細(xì)胞組織的染色劑，在染細(xì)胞和植物組織上應(yīng)用極廣。他和蘇木/精、番紅并列為植物組織學(xué)上三中最/常用的染料。
5、蘇丹Ⅲ 蘇丹Ⅲ是弱酸性染料，呈紅色粉末狀，易溶于脂肪和酒精（溶解度為0.15%）。蘇丹Ⅲ是脂肪染色劑。
6、伊紅 這類染料種類很多。常用的伊紅Y，是酸性染料，呈紅色帶藍(lán)的小結(jié)晶或棕色粉末狀，溶于水（15攝氏度是溶解度達(dá)44%）和酒精（溶于無水/酒精的溶解度為2%）。伊紅在動(dòng)物制片中廣泛應(yīng)用，是很好的細(xì)胞質(zhì)染料，常用作蘇木/精的襯染劑。
7、堿性品（復(fù)）紅 堿性品紅是堿性染料，呈暗紅色粉末或結(jié)晶狀，能溶于水（溶解度1%）和酒精（溶解度8%）。堿性品紅在生物學(xué)制片中用途很廣，可用來染色膠原纖維、彈性纖維、嗜復(fù)紅性顆粒和中樞神經(jīng)組織的核質(zhì)。在生物學(xué)制片中用來染維管束植物的木質(zhì)化壁，又作為原球藻、輪藻的整體染色。在細(xì)菌學(xué)制片中，長用來鑒別結(jié)核桿菌。在 爾根氏反應(yīng)中用作組織化學(xué)試劑，已核查脫氧核糖核酸。
8、結(jié)晶紫 結(jié)晶紫是堿性染料，能溶于水（溶解度9%）和酒精（溶解度8.75%）。結(jié)晶紫在細(xì)胞學(xué)、組織學(xué)和細(xì)菌學(xué)等方面應(yīng)用極廣，是一種優(yōu)良的染色劑。他是細(xì)胞核染色常用的，用來顯示染色體的中心體，并可染淀粉、纖維蛋白、神經(jīng)膠質(zhì)等。凡是用番紅和蘇木/精或其他染料染細(xì)胞核不能成功時(shí)，用它能得到良好的結(jié)果。用番紅和結(jié)晶紫作染色體的二重染色，染色體染成紅色，紡錘絲染成紫色，所以也是一種顯示細(xì)胞分裂的優(yōu)良染色劑。用結(jié)晶紫染纖毛，效果也很好。用結(jié)晶紫染色的切片，缺點(diǎn)是不易長久保存。
9、龍膽紫 龍膽紫是混合的堿性染料，主要是結(jié)晶紫和甲基紫的混合物。在必要是，龍膽紫能跟結(jié)晶紫互相替用。醫(yī)藥上用的紫藥水，主要成分是甲基紫，需要時(shí)能代替龍膽紫和結(jié)晶紫。
10、中性紅 中性紅是弱堿性染料，呈紅色粉末狀，能溶于水（溶解度4%）和酒精（溶解度1.8%）。它的堿性溶液中呈現(xiàn)黃色，在強(qiáng)堿性溶液中呈藍(lán)色，而在弱酸性溶液中呈紅色，所以能用作指示劑。中性紅無毒，常做活體染色的染料，用來染原生動(dòng)物和顯示動(dòng)植物組織中活細(xì)胞的內(nèi)含物等。陳久的中性紅水溶液，用作顯示尼爾體的常用染料。
11、番紅 番紅是堿性染料，能溶于水和酒精。番紅是細(xì)胞學(xué)和動(dòng)植物組織學(xué)生常用的染料，能染細(xì)胞核、染色體和植物蛋白質(zhì)，示維管束植物木質(zhì)化、木栓化和角質(zhì)化的組織，還能染孢子囊。
12、亞/甲藍(lán)或美藍(lán) 亞/甲藍(lán)或美藍(lán)是堿性染料，呈藍(lán)色粉末狀，能溶于水（溶解度9.5%）和酒精（溶解度6%）。亞甲/藍(lán)是動(dòng)物學(xué)和細(xì)胞學(xué)染色上十分重要的細(xì)胞核染料，其優(yōu)點(diǎn)是染色不會(huì)過深。
13、甲基綠 甲基綠是堿性染料。它是綠色粉末狀，能溶于水（溶解度8%）和酒精（溶解度3%）。甲基綠是最有價(jià)值的細(xì)胞和染色劑，細(xì)胞學(xué)上常用來染染色質(zhì)，跟酸性品紅一起可作植物木質(zhì)部的染色
