什么是引物?
引物(primer),是一小段單鏈DNA或RNA,作為DNA復(fù)制的起始點(diǎn),在核酸合成反應(yīng)時(shí),作為每個(gè)多核苷酸鏈進(jìn)行延伸的出發(fā)點(diǎn)而起作用的多核苷酸鏈,在引物的3′-OH上,核苷酸以二酯鏈形式進(jìn)行合成,因此引物的3′-OH,必須是游離的。
如何溶解引物?
干燥后的引物質(zhì)地非常疏松,開蓋前最好瞬時(shí)離心一下,或管垂直向上在桌面上敲敲,將引物粉末收集到管底。根據(jù)計(jì)算出的體積加入去離子無菌水或TE(pH8.0)緩沖液,室溫放置幾分鐘,振蕩助溶,離心將溶液收集到管底。溶解引物用的水一般不要用蒸餾水,因?yàn)橛行┱麴s水的pH值比較低(pH4-5),引物在這種條件下不穩(wěn)定。
如何保存引物?
引物合成后,經(jīng)過一系列處理和純化步驟,旋轉(zhuǎn)干燥而成無色或白色絮狀干粉。
干 粉:運(yùn)輸時(shí)常溫運(yùn)輸,-20℃可以保存一年。
儲(chǔ)存液:配好后分裝成幾管,避免反復(fù)凍融,-20℃可以保存半年。
工作液:常規(guī)使用,4℃保存,也可-20℃保存,但應(yīng)避免反復(fù)凍融。
修飾熒光引物:需要避光保存,盡快使用為宜。
引物設(shè)計(jì)的基本原則:
1、引物長度:15-30bp,常用為20bp左右。
2、引物堿基:G+C含量以40-60%為宜,G+C太少擴(kuò)增效果不佳,G+C 過多易出現(xiàn)非特異條帶。ATGC最好隨機(jī)分布,避免5個(gè)以上的嘌呤或嘧啶核苷酸的成串排列參照。
3、引物內(nèi)部不應(yīng)出現(xiàn)互補(bǔ)序列。
4、兩個(gè)引物之間不應(yīng)存在互補(bǔ)序列,尤其是避免3 ′端的互補(bǔ)重疊。
5、引物與非特異擴(kuò)增區(qū)的序列的同源性不要超過70%,引物3′末端連續(xù)8個(gè)堿基在待擴(kuò)增區(qū)以外不能有*互補(bǔ)序列。