分類(lèi)單元（taxon,復(fù)數(shù)taxa)是指具體的分類(lèi)群，如原核生物界(Procaryotae)、腸桿菌科（Enterobacteriaceae)枯草芽孢桿菌（Bacillus subtilis)等都分別代表一個(gè)分類(lèi)單元。

和其他生物分類(lèi)一樣，細(xì)菌的分類(lèi)單元也分為七個(gè)基本的分類(lèi)等級(jí)（rank或category)或分類(lèi)階元，由上而下依次是：界、門(mén)、綱、目、科、屬、種。在分類(lèi)中，若這些分類(lèi)單元的等級(jí)不足以反映某些分類(lèi)單元之間的差異時(shí)也可以增加亞等級(jí)，即亞界、亞門(mén)……亞種，在細(xì)菌分類(lèi)中還可以在科（或亞科）和屬之間增加族和亞族等級(jí)。值得強(qiáng)調(diào)的是，分類(lèi)單元的的 等級(jí)（階元）只是分類(lèi)單元水平的概括，它并不代表具體的分類(lèi)單元。 除上述國(guó)/際公/認(rèn)的分類(lèi)單元的等級(jí)外，在細(xì)菌分類(lèi)中，還常常使用非正式的類(lèi)群術(shù)語(yǔ)。如亞種以下常用培養(yǎng)物、菌株、居群和型；種以上常用群、組、系等類(lèi)群名稱(chēng)；近年伍斯還在界上使用域（domain)（他把全部生物分為古生菌域、細(xì)菌域和真核生物域，域下面再分界）把域作為分類(lèi)單元的最高/級(jí)。下面簡(jiǎn)要介紹一些常用的類(lèi)群術(shù)語(yǔ)。

培養(yǎng)物（culture)，是指一定時(shí)間一定空間內(nèi)微生物的細(xì)胞群或生長(zhǎng)物。如微生物的斜面培養(yǎng)物、搖瓶培養(yǎng)物等。如果某一培養(yǎng)物是由單一微生物細(xì)胞繁殖產(chǎn)生的，就稱(chēng)之為該微生物的純培養(yǎng)物（pure culture)。

菌株（strain)，從自然界分離得到的任何一種微生物的純培養(yǎng)物都可以稱(chēng)為微生物的一個(gè)菌株；用實(shí)驗(yàn)方法（如通過(guò)誘變）所獲得的某一菌株的變異型，也可以稱(chēng)為一個(gè)新的菌株，以便與原來(lái)的菌株相區(qū)別。菌株是微生物分類(lèi)和研究工作中最基礎(chǔ)的操作實(shí)體。由于同種或同一亞種的不同菌株之間，某些生物學(xué)特征可能存在一定差異，就某些非鑒別性特征（不是定種或界定亞種的特征）而言，不同菌株可能存在重要差別。因此在實(shí)際工作中，除了注意菌株的種名外，還要注意菌株的名稱(chēng)。菌株名稱(chēng)常用數(shù)字編號(hào)、字母、人名、地名等表示。如枯草桿菌ASI.398(Bacillus subtilis ASI.398)和枯草桿菌BF7658(Bacillus subtilis BF7658)分別代表枯草桿菌的兩個(gè)菌株（ASI.398和BF7658分別為菌株的編號(hào)），這兩個(gè)菌株，前者可用于生產(chǎn)蛋白酶，后者則可用于生產(chǎn)淀/粉酶。

居群（population)，population一詞也有人譯為群體、種群或群叢等，是指一定空間中同種個(gè)體的組合。每一個(gè)物種在自然界中的存在，都有一定的空間結(jié)構(gòu)，在其分散的、不連續(xù)的居住場(chǎng)所或分布區(qū)域內(nèi)，形成不同的群體單元，這些群體單元就稱(chēng)居群。

型（form或type)，常指亞種以下的細(xì)分，當(dāng)同種或同亞種不同菌株之間的性狀差異，不足以分為心的亞種時(shí)，可以細(xì)分為不同的型。例如，按抗原特征的差異分為不同的血清型；按對(duì)噬菌體裂解反應(yīng)的不同分為不同的噬菌型等等。由于type一詞既代表型又可代表模式，為避免混淆，現(xiàn)在對(duì)表示型的詞作了修改，用-var代替-type。

上述亞種以下類(lèi)群名稱(chēng)，雖然是非法定的，但卻是普遍使用的習(xí)慣用語(yǔ)，其含義相對(duì)而言較明確。在細(xì)菌分類(lèi)中還常用群（group)、組（section)、系（series)等，這些類(lèi)群名稱(chēng)用在不同場(chǎng)合，常常有非常不同的含義，可以是種水平上的類(lèi)群，也可以代表屬以上的分類(lèi)單元的集合。如《伯杰氏系統(tǒng)細(xì)菌手冊(cè)》第一版中，主要根據(jù)表型特征將全部原核生物分為33組。將假單胞菌屬（Pseudomonas)內(nèi)的90個(gè)種分為5組。因此，在閱讀文獻(xiàn)時(shí)應(yīng)注意區(qū)別。下面分別介紹亞種以上等級(jí)正式分類(lèi)的含義。

常用型的屬術(shù)語(yǔ)及其含義

生物型 biovar biotype 特殊的生理生化性狀

血清型 serovar serotype 不同的抗原特征

致病型 pathovar pathotype 對(duì)宿主致病性的差異

噬菌型 phagovar phagotype lysotype 對(duì)噬菌體溶解反應(yīng)的差異

形態(tài)型 morphovar morphotype 特殊的形態(tài)學(xué)特征

種（species)，是生物分類(lèi)中基本的分類(lèi)單元和分類(lèi)等級(jí)。作為分類(lèi)單元的等級(jí)，種的地位低于屬而高于亞種這是十分明確的。種作為分類(lèi)單元，它指的是“物種"，而物種概念目前還是生物學(xué)中尚未完/全解/決的問(wèn)題。在高等生物中，物種通常被看作是彼此雜交能繁殖的自然群體，這個(gè)群體與其它群體在生殖上是隔離的。在這里，“生殖隔離"被看作是區(qū)分物種的標(biāo)準(zhǔn)。由于原核生物缺乏嚴(yán)格意義的有性雜交，盡管也有人根據(jù)能否通過(guò)轉(zhuǎn)導(dǎo)、轉(zhuǎn)化、接合等途徑進(jìn)行基因物質(zhì)交換來(lái)定種〔稱(chēng)之為基因種（genospecies)〕但因涉及基因交換機(jī)制的各中障礙，僅根據(jù)這個(gè)標(biāo)準(zhǔn)定種存在許多問(wèn)題；目前還可根據(jù)基因序列資料來(lái)分種，如把DNA雜交同源性在60%～70%以上，或者16SrRNA序列同源性達(dá)97%以上的菌株定為一個(gè)種。這一定種標(biāo)準(zhǔn)雖有其科學(xué)性，但在微生物分類(lèi)中，目前尚難以普遍采用。實(shí)際上，目前微生物分類(lèi)中已經(jīng)描述的種仍主要是根據(jù)各種特征（其中主要是表型特征）綜合分析劃分的因此微生物的種可以看作是：具有高度特征相似性的菌株群，這個(gè)菌株群與其它類(lèi)群的菌株有很明顯的區(qū)別。正式由于微生物種的劃分缺乏統(tǒng)一的客觀的標(biāo)準(zhǔn)，分類(lèi)學(xué)上已經(jīng)描述的種潛在著不穩(wěn)定性，有的種可能會(huì)隨著認(rèn)識(shí)的深入分種依據(jù)的變化而進(jìn)行必要的調(diào)整。

亞種（subspecies)或變種（vzriety)，當(dāng)某一個(gè)種內(nèi)的不同菌株存在少數(shù)明顯而穩(wěn)定的變異特征或遺傳性而又不足以區(qū)分成新種時(shí)，可以將這些菌株細(xì)分成兩個(gè)或更多的小的分類(lèi)單元—亞種。亞種是正式分類(lèi)單元中地位最/低的分類(lèi)等級(jí)。變種是亞種的同義詞。在《國(guó)際細(xì)菌命名法規(guī)》（1976年修訂本）發(fā)表以前，變種是種的亞等級(jí)，因“變種"一詞易引起詞義上的混淆，1976年后，細(xì)菌中的亞等級(jí)一律采用亞種，而不再使用變種。

屬（genus)是介于種（或亞種）與科之間分類(lèi)等級(jí)，也是生物分類(lèi)中的基本分類(lèi)單元。通常是把具有某些共同特征或密切相關(guān)的種歸為一個(gè)高一級(jí)的分類(lèi)單元，稱(chēng)之屬。在系統(tǒng)分類(lèi)中，任何一個(gè)已命名的種都?xì)w屬于某一個(gè)屬。當(dāng)某一個(gè)種與其他相關(guān)屬的種具有重要的區(qū)別時(shí)，也可以鑒定為只有一個(gè)種的屬。就一般而言，微生物屬間的差異比較明顯，但屬的劃分也沒(méi)有客觀標(biāo)準(zhǔn)。因此，屬水平上的的分類(lèi)也會(huì)隨著分類(lèi)學(xué)的發(fā)展而變化，屬內(nèi)所含種的數(shù)目也會(huì)由于新種的發(fā)現(xiàn)或種的分類(lèi)地位的改變而變化。 屬以上等級(jí)分類(lèi)單元。像屬的劃分一樣，系統(tǒng)分類(lèi)中，把具有某些共同特征或相關(guān)的屬歸為更高一級(jí)的分類(lèi)單元稱(chēng)為科；再把科歸為目，……余此類(lèi)推。值得提出的是：在一個(gè)完整的分類(lèi)系統(tǒng)中，每一個(gè)已命名的種都應(yīng)該歸屬到某一個(gè)屬、科、目、綱、門(mén)、界中，但實(shí)際上，許多細(xì)菌類(lèi)群其科、目等級(jí)的分類(lèi)學(xué)關(guān)系還不明確，所以有相當(dāng)一部分細(xì)菌的屬未能歸入相應(yīng)的科目中。至于綱、門(mén)、界、的劃分，目前也主要出在積累資料的研究探討階段，所以細(xì)菌（原核生物）的分類(lèi)迄今未能建立一個(gè)完整的分類(lèi)系統(tǒng)，以使各個(gè)分類(lèi)等級(jí)水平上都有明確的分類(lèi)位置。